Das kirchliche Leben im Gebiet des Bistums wurde über Jahrhunderte stark durch die Abtei St. Gallen geprägt. Am Grab des Heiligen Gallus (gestorben 645) entstand eine Benediktinerabtei, die erst 1805 durch den jungen Kanton St. Gallen aufgehoben wurde.
Ein Teil der dabei konfiszierten Güter (Stiftsbibliothek, Klosterkirche und weitere Gebäude) wurde später den Katholiken zurückgegeben und wird seitdem durch den Katholischen Konfessionsteil verwaltet. Diese staatskirchenrechtliche Institution besteht aus den wahlberechtigen Katholiken des Kantons, die gemäss eigener Verfassung ein Parlament und den Administrationsrat als Exekutive wählen.
Nach Aufhebung des Klosters und des Bistums Konstanz (1821) waren die kirchlichen Verhältnisse eine Zeit lang nur provisorisch geregelt. Ein 1823 errichtete Doppelbistum Chur-St. Gallen blieb unbeliebt und ohne Erfolg. Erst 1847 konnte, nach langen Verhandlungen zwischen dem Administrationsrat und dem Vatikan, ein eigenständiges Bistum St. Gallen errichtet werden.
Das kleine Bistum weist einige Besonderheiten auf, die in der Errichtungsbulle festgeschrieben sind:
- Der Bischof ist immer Diözesanpriester des Bistums, er wird vom Domkapitel gewählt. Dieses erstellt eine Sechserliste. Das Katholische Kollegium kann bis zu zwei Kandidaten als mindergenehm erklären. Der Heilige Stuhl prüft vor der Wahl die Liste.
- Während der Bischof für die Seelsorge in der Diözese verantwortlich ist, kümmert sich der Konfessionsteil (auf Pfarreiebene die Kirchgemeinde, auf Ebene der Seelsorgeeinheiten die Zweckverbände) um die finanziellen Belange und die Verwaltung der Kirchensteuern. Dazu gehören etwa die Erstellung und Renovierung der Kirchen und die Lohnzahlung an die Seelsorger und anderes Personal.
Für die Kantone Appenzell-Ausserrhoden und Appenzell-Innerrhoden wird der Bischof von St.Gallen seit 1866 als Apostolischer Administrator eingesetzt.
